日本——香港——内地，凭护照即可入境香港，属于“过境香港”，最多单次可停留7日，以方便换乘，无需港澳通行证及香港签注的。
题主从日本经香港回深圳，可以凭护照即可入境香港的，并可最多在香港停留7天的。

附：根據現行入境條例及政策規定，持中國護照從內地經香港往返其他國家或地區的過境旅客如能符合一般的入境規定，並持有前往目的地的有效入境證件及已經確認的續程或回程的車票、機票或船票(但從海外來港過境返回中國內地的人士則毋須持有這些海外的有效入境證件及續程機票或船票），可於每次入境時獲准在港逗留七天而毋須事先領有進入許可。這項免入境許可證的過境安排，可方便他們經香港往返海外及內地時在本港過境作短暫停留。根據閣下行程：日本→香港→中國內地，符合免入境許可證的過境安排。希望以上資料能為你提供協助。若是第三国返回港澳，可在两地各呆7天过境，不需要港澳通行证！详情请咨询香港入境事务处。

PS：
DT2次才会拒绝入境的，所以题主不用很担心的。
从日本到香港旅游，利用“过境香港”的政策，题主可以抽空凭护照回深圳，这样就不会被DT了。
像去年，题主的路线如果是“日本——香港——深圳，再深圳——澳门——日本”，即符合“过境香港”、“过境澳门”的规定的，护照就不会被DT的。且无论你在深圳停留多久，呆半天也行的。