在拔萃学校的日本高中课程包括:日本学校的国语、数学、英语、历史、地理、社会、公民等课程;全部学生住在学校宿舍，统一管理，宿舍3人间，每个房间有独立卫生间，配备衣柜、写字台、空调、小冰箱等，宿舍楼每层配有活动室，厨房，洗衣机房。伙食为自助餐;下课后有篮球赛、足球赛等体育活动，还有万圣节、圣诞节等节日的演出及各项社会实践活动。

全部留学生住在学校宿舍，统一在学校食堂用餐，统一管理;日本学校分为3个学期：4月~7月，9月~12月，1月~3月，4月为新学期的开始;日本高中课外活动很丰富，有体育部(篮球、足球、棒球、剑术、排球、田径、网球)和文艺部(吹奏乐、美术、舞蹈、ESS 、轻音乐)等各种团队活动，还有修学旅行、学园祭等各项活动。

学生高一、高二期间在拔萃学校就读，高二下学期、高三期间在日本合作学校就读，修满学分获得日本高中毕Y证， 升入日本大学;普通日本高中留学班2+1.5课程国内2年期间课程：高一年级 国内普高课程+日语强化课程+日本文化课高二年级 国内普高课程+日语强化课程+日本高中课程