建议大三开始准备，中介建议选择专业的赴日读研机构。
首先你要先了解一下日本的研究生制度
1、日本国公立大学的研究生跟国内的研究生在概念上有所区别，在日本硕士被称为修士，而研究生相当于修士的预科，外国留学生一般先通过半年~一年的研究生学习，通过修士入学考试后进入修士课程，2年后毕业获得修士学位。
2、而日本的研究生为导师决定制，也就是说导师同意接受你后，学校才会允许入学。申请需要提供学位证明、研究计划书、在校专业课成绩、毕业论文、外语能力证明等等、但申请的关键是你的研究计划书，直接体现你的研究方向与研究能力。因为中日两国学术思维上的差异，所以很多人申请失败就是因为研究计划书不符合导师的要求。所以在选择中介的时候建议选择专业的赴日读研机构，他们可以提供专业的研究指导，虽然新东方也有日本留学项目，但并不是以研究生为主。
3、语言要求的话一般理工科专业要求达到N3，文科专业需要达到N2，日语要求完全可以在国内达到，没必要再去读语言学校，研究生课程中就包括针对留学生的日语强化课程。如果想申请更好一点的国公立大学，最好还可以提供英语托福成绩。
4、专业选择建议从本专业出发，继续选择本专业或者相关专业，最好可以先介绍一下你的详细情况。
跨专业的话首先考虑你是否具备相关的专业知识，是否可以提供相关专业的学习成绩、论文以及学位。如果不具备以上条件的话是无法跨专业的。如果在校期间有辅修相关专业的课程或者第二学位，也是可以的。
也可以选择一些对于专业背景要求不高的专业，比如教育学、社会学、文学、语言学、福祉学、心理学等等。
5、很多日企在招聘时会加注“有流日经历者优先”的条件，所以对你以后的就业是很有优势的。
6、可以回国或者留日继续攻读博士

最好可以介绍一下你的详细情况，出身校、专业、平时专业课成绩、外语水平（日英）、毕业时间、毕业论文概要、赴日后的研究方向与课题等情况。

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希望可以帮到你。