很简单，你先到京都的出入境管理局 在二条那边（下了京阪二条站往东走就能看到）

进去后，你跟哪里的人员说，你要办理在入境手续（ゴールデンウィークに帰りるつもりなので、再入国手続きをしたいです） 然后他会拿一张表让你添（姓名护照好等等，航班号可以先不添，因为拾回来时用），然后他会问你是回去1次还是多次（一次的话这次回去了就作废了，下次回国的时候还要办；多次的话签证到期前可以不用再办理），费用方面，一次3000日元，多次6000日元。然后交钱买一张相当面额的印纸（类似于邮票）贴上，就OK了（记得带上护照和外国人登陆证），5分钟内搞定（人不多的情况下）

根据学校的要求可能规矩不一样（大学里规定留学生回国前都要给学校里汇报一声，可是我都不打招呼，也没事，出入境也不管，人家只管你有没有签证和再入国许可）。按说应该给学校打一声招呼。就回去一周的话不说也行。
从大阪走的话就只有关西空港了，在京都站前（7条那边坐关西空港大巴直达机场，价格记不清了2000日元左右吧）