学校这么建议你，只是考虑自己学校的利益而已，没有考虑你的利益。如果你的确处在不方便去的位置的话，就没有必要刻意去注销。如果你已经回国在家里了，那你注销不注销，对你不会产生任何影响。相反，只要在签证有效期之内，你甚至还可以再去日本，前提是你在回国之前办理了再入国手续。
学校让你注销是因为怕你在签证有效期之内再回日本，然后黑在日本打工，那样万一查到了，就会给学校抹黑，学校在接收留学生的时候会受到影响。站在学校的角度，学校是有这份担心的，但站在你的角度，如果你已经打定主意不去日本了，那就没有必要去花时间注销签证了，只要等到签证有效期过了之后，学校那份担心自然就没有了。