有编入制度的大学的确相对于正常可以考入的大学来说是少的，但是一般的国公立大学都设置有编入制度。东京大学，京都大学，大阪大学，神户大学之类肯定都有编入制度的。私立大学设置编入的较少，有设置的也不奇怪。所以楼主不要认为越好的大学越是没有编入制度，这是错误的观念，只是设置这个制度的学校以及招生人数都明显比一般的少。
至于具体有什么要求，真的是要看具体学校具体专业而不一样的，我刚查了下神户大学的文学部的，没有对英文做特别要求，所以报考的时候不需要提交托福成绩什么的，只是说，留学生考试要在平均分以上。估计就是250分以上。其余的都没有什么特别要求。然后每个具体的学校都会举行一次招生考试，你得过了那个考试才行，其实报考大学的标准挺低的，一般人都能报，主要是你要做的好它学校出的考题，而且报考人数一多，招生人数一少，就有可能被刷下来。这就是为什么很多人说编入难度大。而且，很多大学会要求看你的专业对不对口，即使在招生条件里不会对专业做特别的要求，会考很多专业的内容，所以如果不是那个专业的话，可能比较难。
至于有没有对留学生专门的编入选拔，我刚刚只进了神户大学文学部查，的确是有为留学生专门设立的考试。并且每年的招生人数都有公开，大多数大学网上都有，你自己多找找。更何况，留学生的日语水平和日本人的不是一样的，招生学校会考查留学生的日语水平，所以我觉得大多数应该对留学生都有专门考试。
关于是不是后面2年修满前2年的学分，学习进步紧张，不能专业的回答你，自己没有经历过，而且周围读上编入的很少，所以具体的不知道。