日本最好的大学有：东京大学、京都大学、大阪大学、东京工业大学、东北大学、名古屋大学、北海道大学、九州大学、早稻田大学、庆应义塾大学。

1、名古屋大学

名古屋大学是历史悠久的七所帝国大学之一，最初成立于1939年。几十年来，该大学取得了一些最高的研究标准，占日本诺贝尔科学奖获得者的近三分之一。名古屋大学在全球排名第 111 位。

2、九州大学

九州大学的历史追溯到1903年，是日本第四古老的大学，也是日本最大的高等教育机构之一，目前在全球排名第 126 位。九州大学在衡量国际研究网络的指标上取得了最高分，其次是教师/学生比例和雇主声誉。纵观历史，该大学拥有一批备受尊敬的人物，其中包括日本工程师和日本宇宙航空研究开发机构宇航员Koichi Wakata; 和着名的日本漫画家，岸本正史(火影忍者的创造者)等等。

3、北海道大学

北海道大学成立于1876年，当时是札幌农业大学，是日本第一所获得学士学位的高等教育机构。它是帝国大学的成员，该大学由一些全国最负盛名的大学组成，由日本帝国建立。北海道大学目前在世界排名第 128 位，在日本排名第7位。

4、庆应义塾大学

作为日本第一所私立高等教育机构，庆应义塾大学 于1858年在江户(现东京)成立了庆应义塾大学。QS世界大学排名2019。庆应义塾大学在海外拥有300多家合作机构，拥有世界一流的教学设施和广泛的本科和研究生学术课程。