持有的五年日本签证应该是五年多次往返旅游签证吧，那个虽说是五年，但其实是短期签证。

持五年签证是可以在日本留学的。

日本留学签证是长期签证，是需持你已获得的日本在留资格去领事馆申请的。

一般来说，如果你手上有五年旅游签证的话，在申请长期签证的时候，工作人员都会让你自己写一份说明，大致内容就是让你同意放弃五年多次往返旅游签证。